Bước 1: Cơ quan chủ quản gửi hồ sơ lấy ý kiến của Bộ Nông nghiệp và Môi trường, Bộ Tài chính và các cơ quan, địa phương có liên quan để có căn cứ phê duyệt Văn kiện viện trợ quốc tế khẩn cấp để khắc phục hậu quả thiên tai đối với các khoản viện trợ không thuộc nội dung liên quan đến an ninh, quốc phòng, tôn giáo; các khoản viện trợ chưa xác định cơ quan chủ quản, các khoản viện trợ có nội dung nhập khẩu hàng hóa thuộc thẩm quyền quyết định của Thủ tướng Chính phủ.
Bước 2: Trong thời hạn tối đa không quá 05 ngày làm việc kể từ ngày nhận được hồ sơ xin ý kiến, Bộ Nông nghiệp và Môi trường, Bộ Tài chính và các cơ quan, địa phương có liên quan thôn trả lời bằng văn bản gửi cơ quan chủ quản.
Nội dung ý kiến gồm: Sự phù hợp của khoản viện trợ quốc tế khắc phục hậu quả thiên tai với bối cảnh cụ thể của bộ, ngành, địa phương; sự phù hợp của phương thức tổ chức thực hiện khoản viện trợ quốc tế để khắc phục hậu quả thiên tai; nguồn vốn; cam kết, điều kiện viện trợ của Bên viện trợ và các bên tham gia (nếu có); khả năng đáp ứng các điều kiện, yêu cầu của Bên viện trợ; hiệu quả, tính bền vững sau khi kết thúc khoản viện trợ.
Bước 3: Trên cơ sở các ý kiến; Cơ quan chủ quản giao chủ khoản viện trợ hoàn chỉnh Văn kiện, trình cơ quan chủ quản xem xét, quyết định phê duyệt Văn kiện viện trợ quốc tế khẩn cấp để khắc phục hậu quả thiên tai.
Bước 4: Sau khi Văn kiện viện trợ quốc tế khẩn cấp để khắc phục hậu quả thiên tai được phê duyệt, cơ quan chủ quản thông báo cho Bộ Nông nghiệp và Môi trường, Bộ Tài chính và các bộ, cơ quan, địa phương liên quan.
Bước 5: Chủ khoản viện trợ tiếp nhận, quản lý và sử dụng khoản viện trợ theo quy định.