Bước 1: Căn cứ thời hạn ghi nợ theo quy định tại Nghị định về bồi thường, hỗ trợ, tái định cư khi Nhà nước thu hồi đất, Nghị định về cấp giấy chứng nhận, hộ gia đình, cá nhân thực hiện thanh toán nợ tiền sử dụng đất bằng cách nộp một lần tiền sử dụng đất còn nợ vào ngân sách nhà nước theo quy định của pháp luật về quản lý thuế. Cơ quan thu ngân sách nhà nước theo quy định của pháp luật về quản lý thuế có trách nhiệm thu tiền sử dụng đất còn nợ theo số nợ ghi trên Giấy chứng nhận hoặc Thông báo của cơ quan thuế và cung cấp chứng từ cho hộ gia đình, cá nhân; đồng thời chuyển thông tin về số tiền thu được của hộ gia đình, cá nhân đến các cơ quan liên quan theo quy định. Cơ quan thuế ban hành Thông báo về việc xác nhận việc hoàn thành nghĩa vụ tài chính về thu tiền sử dụng đất thực hiện theo Mẫu số 03 tại Phụ lục I ban hành kèm theo Nghị định này.
Bước 2: Người sử dụng đất nộp hồ sơ đến Văn phòng đăng ký đất đai hoặc cơ quan có chức năng quản lý đất đai hoặc bộ phận một cửa liên thông để được xóa nợ ghi trên Giấy chứng nhận.
Bước 3: Văn phòng đăng ký đất đai hoặc cơ quan có chức năng quản lý đất đai hoặc bộ phận một cửa liên thông sẽ rà soát, đối chiếu hồ sơ đã nhận để thực hiện xóa nợ ghi trên Giấy chứng nhận và trả lại Giấy chứng nhận 01 ngày làm việc.